1911年爆发的辛亥革命，不仅改变了中国历史的进程，也对中国高等教育产生了重要而深远的影响。与新旧政权政治上彻底决裂有所不同，民国初年，我国高等教育既继承了清末教育近代化的遗产，又根据新形势下的需求不断革新，加快了近代化进程，同时也体现出承前启后的阶段性特征。
恢复和发展教育以“启文明速进化”
1912年1月1日中华民国宣告成立，孙中山在南京就任临时大总统，1月3日任命蔡元培为教育总长，1月9日正式成立教育部。
虽然百废待兴，孙中山和临时政府对教育十分重视，认为“学者，国之本也”，“查民国新建，凡有教育，应予提倡，乃是以启文明而速进化”。一方面采取积极措施，尽快恢复受战争影响的教育机构与秩序，另一方面颁发《普通教育暂行办法》、《普通教育暂行课程标准》等，对清末施行的一些不合时宜的教育规章制度进行废止。如规定从前各项学堂均改称为学校，监督、堂长一律通称校长，初等小学可以男女同校，各种教科书务合乎共和国宗旨，清学部颁行之教科书一律禁用，小学读经科一律废止，等等。对于高等学校，新政府通令各省，在有关规程尚未颁布前，应照旧章办理，同时要求各高等学校、专门学校尽快开学。
在新政府的努力下，教育秩序迅速恢复，新的学校纷纷建立。据统计，1912年，包括高等学校在内的全国学校数达87272所，各类学生数达2933387人，与1909年相比，学校增加近28000所，在校学生人数增加近130万人。
以培养“健全之人格”的现代国民为目标
学校应当培养什么样的人？这涉及教育的根本宗旨。辛亥革命前，清政府虽然以日本为榜样，学习和引进西方近代教育体制，但在人才培养的根本宗旨上，仍然从维护自身的统治出发，把“忠君”与“尊孔”放在最重要位置。显然，清政府需要培养的人才是大清顺民而不是现代国民。
1912年2月，蔡元培发表《对于新教育之意见》一文，提出了新的教育思想。他认为，专制时代与共和民主时代教育的最大区别是人才培养目标不同，“专制时代，教育家循政府之方针以标准教育，常为纯粹之隶属政治者。共和时代，教育家得立于人民之地位以定标准，乃得有超轶政治之教育”。他批评清政府的教育宗旨不合时宜，“忠君与共和政体不合，尊孔与信教自由相违”。蔡元培认为，共和时代，教育应当以培养“健全之人格”的现代国民为目标，而为了实现这一目标，就必须推行“五育”并举的方针。
所谓“五育”，是指军国民教育、实利主义教育、公民道德教育、世界观教育、美感教育。军国民教育是指体育和军事教育，目的在于养成健康体魄与自卫能力；实利主义教育是指学习并掌握近代知识与技能；公民道德教育是指培养公民道德意识与行为，养成健康人格；世界观教育是指培养人超乎现世观念的最高层次教育；美感教育是指音乐、绘画等艺术教育，目的是陶冶人的情操。在蔡元培看来，“五育”是一个相互关联的有机体，只有“五育”并举，也就是德、智、体、美全面发展，才可养成“健全之人格”。
不过，“五育”之中又以公民道德教育最为重要，“五育以公民道德为中坚，盖世界观及美育皆所以完成道德，而军国民教育及实利主义，则必以道德为根本”，“德育实为完全人格之本”。那么，公民道德教育的内涵是什么？蔡元培认为，就是法国大革命提出的“自由、平等、博爱”思想。
至此可以明显看出，蔡元培提出的新的教育思想，深受西方近代教育理念的影响，不仅较之过去是重要革新与巨大进步，而且对民国初年乃至整个民国时代的教育思想产生了重大影响，可以说起到了引领方向的作用。蔡元培新教育思想一提出，立即引起了国内教育界的强烈反响，1912年7月全国临时教育会议在北京召开，会上讨论并采纳了蔡元培提出的民国教育宗旨。同年9月，教育部正式公布民国教育的宗旨是：“注重道德教育，以实利教育、军国民教育辅之，更以美感教育完成其道德。”
教育思想的革新引发教育制度的变革
教育思想的革新必然引发教育制度的变革，尤其反映在学制的变革上。民国成立不久，教育部就开始着手教育体制改革，认为“民国既立，清政府之学制，最必须改革者”。
至于如何改革学制，首先要广泛征求全国教育界意见，为此，教育部于1912年3月发表《拟议学校系统草案》，同年7月又在北京召开临时教育会议，讨论通过了《学校系统案》。9月3日，教育部公布《学校系统令》，因是年为农历壬子年，所以也称“壬子学制”。至1913年（农历癸丑年），教育部又陆续公布了小学、中学、师范学校、专门学校、大学等有关法令规程，与上年颁布的法令形成一个新的学制系统，称为“壬子癸丑学制”。这是继清末“癸卯学制”以后第二个具有近代意义的学制改革，它将普通教育分初等、中等、高等3个阶段，整个教育期限为18年。除普通教育外，还分列师范教育和实业教育。
“壬子癸丑学制”在很多方面传承了清末“癸卯学制”的内容，但在教育宗旨、课程设置等方面作了革新。如受教育期限大为缩短；在教育宗旨上取消了“忠君”、“尊孔”的内容；在课程设置上，取消经科；在教科书使用上，禁止使用清末学部颁行的教科书，等等。
就高等教育而言，“壬子癸丑学制”中的《大学令》明确规定：“大学以教授高深学术、养成硕学闳材、应国家需要为宗旨”；大学分文科、理科、法科、商科、医科、农科、工科等7科，以文、理科为主；大学设预科及本科，预科3年、本科3至4年不等；本科毕业称学士；大学另设大学院，培养研究生；大学设校长一人及各科学长；教师分教授、助教授、讲师3种；大学设评议会，由各科学长及各科教授组成，负责评议大学一切重大事项。
从《大学令》的内容看，较之清末出现了许多新的变化趋向，如旧的教育宗旨废除，明确了文、理科为主的学科设置，以法令形式承认私立大学主办权，尤其是校内评议会的设立，带有大学自治、教授治校的倾向。
高等教育呈现出承前启后的过渡性特征
辛亥革命爆发后，民国初年高等教育变化出现了一些新趋向。
一是这一时期高等教育的发展是建立在清末教育变革基础之上，在制度设置等许多方面都传承了清末教育近代化的遗产。同时，民国政府又根据共和时代的需要，从教育宗旨、学制等方面对高等教育进行革新，极大推动了教育近代化进程，为后来民国时期教育的发展奠定基矗可以说，民国初年的高等教育具有承前启后、明显的过渡性特征。
二是从民初高等教育变革的参照目标看，如果说清末教育改革完全以日本模式为参照，那么民初的教育变革呈现出从“以日为师”到“以欧美为师”的趋向。由于以蔡元培为代表的欧美留学人员的回归，由于民初中日关系微妙的变化，还由于留日学生在国内政坛与教育界的持续影响，民初包括高等教育在内的教育变革，在教育思想上表现出以欧美，尤其是以德、法两国教育为参照的倾向，而在教育实践上又表现出仍以日本教育为参照的倾向。
三是无论从教育思想还是制度革新看，蔡元培先生都是推动民初教育变革的设计者与引路人，使这一时期的教育变革深深地打上他个人的思想烙印，并对以后教育近代化进程产生越来越重要的影响。