耕地保护制度的实施，无疑保障了13亿人口的粮食安全，增强了中国人自身的民族安全感。同时，必须看到实施这一制度的其他影响，它增加了城市化进程中的用地成本，尤其对于土地资源已经稀缺的沿海地区或大型城市来说，加速了这类地区或城市的房价上涨。
未来市场化的进程可以让富有的家庭自由选择住房消费方式，并通过对土地收益进行征税来形成城市建设资金和保障性住房的建设资金，在高房价中形成二次转移来解决低收入家庭的住房保障问题。
近年来，我国住宅价格水平不断上涨，极大地增加了城市居民的生活成本。为此，政府采取了严厉的措施来遏制房价水平过快上涨。
城市经济规模越大土地稀缺性越强
改革开放以来，中国的经济年均增长率达到9%左右，但各地区的经济发展差异明显。沿海地区的经济总量、人均GDP远远高于中西部地区，这种差异使得大陆地区经济规模在总体上呈现出泾渭分明的四个层次：第一层次是长江三角洲与珠江三角洲；第二层次是京津都市圈与环渤海湾地区；第三层次是以中原地区为代表的中部地区；第四层次是东北地区、西南与西北地区。经济发展使人们的购买力大大增强，而这种购买力不仅体现在最终消费品不断升级换代上，更体现在对空间上不可流动的土地要素的竞争上。在平原面积占国土面积不到12%的情况下，经济较为发达的沿海地区土地的稀缺性愈加凸显出来，表现在城市房价水平不断上涨。在大中小不同层级的城市体系中，经济规模越大的城市，其土地稀缺性越强、房价水平越高。
另外，在30多年改革开放期间，沿海地区中小城市的发展呈现出群体式、爆发式的势头，这类城市的产业结构主要以制造业为主，其土地使用的不节约性和不集约倾向较为明显，土地稀缺性也已经开始体现出来，由此造成了近几年该地区中小城市的房价水平不断攀升，例如温州市城区的房价在2010年年中已经达到大约4万元/平方米。经济快速发展与土地稀缺之间的矛盾决定了城市房价水平不断上涨，这是经济规律起作用背景下的房价正常上涨。
耕地保护增加城市用地成本
1999 年实施的《土地管理法》确立了我国最严格的耕地保护制度（如土地用途管制、 耕地总量动态平衡、耕地占补平衡、耕地保护目标责任制、基本农田保护、土地开发整理复垦等制度），经过10多年的发展与完善，取得了令人瞩目的成就，用不到全球10％的耕地养活了接近世界20％的人口。
《全国土地利用总体规划纲要（2006—2020 年）》提出，全国耕地保有量在2010年和2020年分别保持在18.18亿亩和18.05亿亩；基本农田保护面积确保15．6亿亩。但是，全国耕地面积从1999年的19.38亿亩逐渐下降到2006年的18.26亿亩。另据国土资源部网站的数据分析，2001—2008年间耕地面积减少1.25亿亩，按2001年的耕地面积19.14亿亩计算，2008年底的耕地面积应为17.89亿亩，已经突破 18亿亩红线。
具体到耕地数量减少的结构因素，建设占用、灾毁、生态退耕、农业结构调整是其主要“贡献者”。以2008年为例，在减少的373.4万亩耕地面积中,建设用地占76.97%；而在建设用地中，工矿仓储用地、交通运输用地与住宅用地面积占建设用地份额的前三位，分别为 34%、22%和15%，而这三种用地需求恰恰是我国快速的工业化与城市化中必不可少的土地占用。
耕地保护制度的实施，无疑保障了13亿人口的粮食安全，增强了中国人自身的民族安全感。同时，必须看到实施这一制度的其他影响，它增加了城市化进程中的用地成本，尤其对于土地资源已经稀缺的沿海地区或大型城市来说，加速了这类地区或城市的房价上涨。
短期在区域内部城乡统筹
在解决城市建设用地的稀缺性问题上，各地正在展开以农村宅基地指标换取城市社会保障为主要内容的区域内部城乡统筹战略。其主要内容是将旧的农民住宅进行拆除后，以“拆一补一”原则用农民集中区的新房补偿被拆除的旧住宅，旧宅基地面积减去农民集中区占用的土地面积，经过复耕后成为新的耕地，以“占补平衡” 原则换得城市建设用地指标；同时，辅以实施养老、医疗等方面的城乡居民逐步统筹平等措施。
然而，从本地区农民宅基地中置换出来的土地，对于经济发达地区的非农用地需求来说是有限的，从长远看仍然无法满足经济发达地区的用地需求，其结果是经济发达地区房价持续上涨。
中长期可跨区域城乡统筹
中长期可将流入城市的农民工宅基地指标与流入地城市的社会保障进行置换，也就是说农民工可以将原居住地的旧房拆除，携带宅基地指标进城换取城市的住房、医疗、子女教育等社会保障。跨区域城乡统筹不是简单地将区域内部城乡统筹方法移植到区域之间，而是出于经济增长的效率与公平之间的平衡兼顾考虑。非农用地指标如果能够流向效率最高的区域或城市，其直接结果是增强了经济增长质量与效率，有利于转变经济增长方式。
同时，在中国快速的城市化进程中，2009年我国城市化水平达到46.7%，在接下来的15年间将以每年1%的速度递增，在2025年可以达到65%左右，这期间70%的城市新增人口来源于流动人口（约2.43亿）。如果流入地城市在社会保障方面实施对流动人口的歧视政策，则城乡收入差距与地区间收入差距将被放大，这有悖于公平的理念，从长远看是行不通的。对于这部分新增人口的社会保障支出的财政来源，从根本上讲只有来自本地区的非农产业蓬勃发展，而城市的非农产业发展与财政来源却又取决于该城市拥有的非农建设用地指标的多寡。因此，将流动人口（主要是农民工）的原有宅基地指标与城市社会保障进行置换，可以使流入地的城市拥有更多的城市建设用地指标，通过发展非农产业取得财政收入，进而对流动人口提供与本地城市居民基本相同的社会保障。这样才能取得经济增长效率与公平的双赢，将增长果实惠及普通百姓。
最优路径为加强社会保障房建设
经济快速发展、土地资源本身的稀缺性决定了在快速城市化、工业化过程中实行市场化定价的商品房价格将高企不下。对于城市中的高收入群体来说，商品房的出现改善了这一部分家庭的住房环境，也为城市化进程加速提供了资金等条件。但对于低收入群体来说，这一部分群体并未从市场化进程中获得土地增值的收益。如果在保障性住房的建设环节中出现“瘸腿”，则会加大这一部分群体对社会分配不公的不满情绪。因此，未来市场化的进程可以让富有的家庭自由选择住房消费方式，并通过对土地收益进行征税来形成城市建设资金和保障性住房的建设资金，在高房价中形成二次转移来解决低收入家庭的住房保障问题。