大学管理，是目前中国高等教育发展中一个不断被提及但至今未能很好解决的问题。大学的管理包括组织形式、制度、管理理念等内容。在组织形式上，可以大略地分为学校的教学、科研组织形式和行政组织形式两大部分。在制度上，包括人事制度、科研制度、教学制度等。
关于大学的教学、科研组织形式
目前，中国大学教学和科研的开展，绝大部分是以学院作为基本组织形式，实行校、院两级的管理体制。学校以学科为基础组建学院，但国家、社会对人才和科研产品的需求却往往不是严格按照学科分类的，各类科学问题的提出也往往是跨学科的。
我觉得有必要对现有的学院进行整合，如一些已经先行一步的高校那样，实行学部制。在各相近学科之上设相应的学部，例如，理学部，下设数、理、化、生、地等学院。这种学部，只是在学院之上搭建的一个非实体平台，以期为各相近学科的交叉融合提供一种有较强操作性的机制。
设立学部的另一个重要考虑，是为了解决大学管理中学术权力与行政权力相对分离的问题。目前，我校每个学院都设有学位评定委员会和教师职务聘任委员会，这两个委员会的主任，一般都由院长担任，这就使院长在作为行政主管行使行政权力的同时，又成为学术权力的主导者。学部设立后，各相关学科的学位评定委员会及教师职务聘任委员会设在学部，委员会主任以及委员会成员由来自不同一级学科的教授担任，使这两个委员会成为较为纯粹的学术评议组织。
关于大学的行政组织形式
中国大学的行政部门与国外大学以及台湾、香港地区的大学相比，机构设置更多，分工也更细。这一体制，由于分工细致，比较有利于管理职能的落实，但难免会出现协调不畅的问题，也可能在结合部存在盲点。
我国大学的行政组织形式，是与国家和地方教育行政主管部门密切相关的。上级主管部门的机构设置，对于大学具有指导意义，为了管理的顺畅，上下一一对应就成为必须。要改变目前这种职能部门分工过细的情况，并非一个大学所能单独完成。我个人的想法是，是否可以参照国家机关实施“大部制”的方法，也如一些已经先行一步的高校那样，在不搞机构撤并的前提下，对校内的职能部门进行一些梳理，设立若干个“部”，以提高行政效率。例如，可以考虑以一些与本科生培养有关的职能部门如教务处、学生处、招生办公室、就业指导中心、团委等组成本科生院。
关于创新人才培养的管理理念和措施
目前，各高校都在不断地强调要培养创新人才，但是，我们其实并没有找到一条培养创新性人才的有效途径，大家都尚在摸索之中。
在本科生培养方面，对本科生创新精神的培养，首先应该培养学生的个性，而个性的培养往往不在课堂上，而是在被称为“第二课堂”的学生活动中。社会实践、志愿者服务等活动，更有利于培养学生的感恩情操，使学生认识社会和国情，甚至从中发现真实的科学问题。我们应该考虑思想政治教育的方法创新，社会实践实际上应当成为思想政治教育的一个途径和方法。
在研究生培养方面，从社会对于人才的实际需要看，研究生教育比较合理的结构，应该呈现一个金字塔的形状。其中学术型研究生应该少而精，更多的应该是从事职业型和修课型的研究生。应当看到，当前影响研究生教育质量提高的核心，很大程度上在于研究生教育结构的不合理，即学术型研究生比例过高，专业学位研究生比例偏低。要及时调整研究生的教育结构，更加强调研究生的分类培养，从生源、导师、课程、实践、论文、就业、评估等各个环节上进一步强化特色，对不同类型的研究生应有不同的培育程序和质量标准。
为了更好地做好研究生的分类培养，进一步扩大专业学位的规模，建议教育部考虑在专业学位的设置上扩大高校的自主权，将专业学位授权下放到有一级学科自主设立博士点权力的高校，让学校根据社会经济发展的需求自行增设专业学位领域或设置联合课程学位，教育部则负责组织定期的专项评估。
关于人事制度
大学管理制度最为核心的部分，是关于人事的制度。在大学人事制度改革实施过程中，我们也遇到了许多难以解决的问题，例如“退出机制”。在我国高水平大学中，师资的素质相对较高，一些不适合的师资“退出”也相对会比较平稳，并且是有出路的。因此，建议国家有关部门在制定事业单位人事政策时，考虑在选择若干高水平大学作为“退出机制”的试点。
随着人事制度改革的进一步推进，学校也不可避免地要面对校内的各类投诉。按照以往的做法，各类投诉都由职能部门负责解答。为了使行政运作更加有序、有效，有必要成立例如叫做“行政仲裁委员会”的校级组织，下设教师职务聘任、人事争议、学位授予、学籍管理等分委员会，成员应包括教授及学生代表，必要时可以公开听证的方式处理相关申诉。
我们可能还远没有找到一个适合中国大学长远发展的大学管理制度，这与我们正处于急剧社会转型期的现实密切相关，我们的“计划”往往没有“变化”快。因此，我们这些大学的管理者目前所要做的，大概也只能是尽可能多地思考、尝试。同时，也衷心希望国家的各项政策更为完善，为大学的发展创造一个更为良好的外部环境。
《中国教育报》2009年3月2日第6版